Selon la loi sur la protection des eaux, les cantons avaient jusqu’à fin 2012 pour assainir tous les tronçons à débit résiduel en aval des prises d’eau concédées avant 1992. Or, jusqu’ici, seuls sept cantons ont appliqué les prescriptions légales de 1992. Dans l’intérêt des cours d’eau, des écosystèmes qu’ils forment et des biocénoses qu’ils abritent, la Confédération exhorte une nouvelle fois les autorités compétentes à achever l’assainissement le plus rapidement possible.

Les cours d’eau et lacs naturels abritent nombre d’espèces animales et végétales et fournissent aussi une contribution importante en termes de protection contre les crues, d’approvisionnement en eau potable et servent à la détente. Pour remplir toutes ces fonctions, il importe que les eaux soient de bonne qualité, que leur débit soit suffisant et qu’elles aient assez d’espace.

Un module de l’aide à l’exécution «Renaturation des eaux» La législation fédérale sur la protection des eaux vise avant tout à garantir une protection intégrale des eaux et de leurs multiples fonctions, ainsi que leur exploitation durable par l’homme.

Les petits cours d'eau sont pollués par une multitude d'herbicides, de fongicides et d'insecticides. Dans une étude réalisée sur mandat de l'Office fédéral de l'environnement qui paraît aujourd'hui, les normes de qualité de l'eau ne sont respectées dans aucun des cinq ruisseaux examinés. Même les concentrations de polluant présentant une toxicité aiguë pour les organismes aquatiques sont parfois dépassées. Des essais biologiques indiquent que les communautés biotiques sont affectées par les mélanges de composés. Un catalogue de mesures correctrices est actuellement en cours d'élaboration dans le cadre du « Plan d'action visant à la réduction des risques et à l'utilisation durable des produits phytosanitaires ».

Le barrage du Theusseret est situé en amont de Goumois, sur le Doubs Franco-Suisse, rivière française emblématique. Cette rivière est touchée par des pollutions multiples (mauvaise qualité des eaux mais aussi impact important de seuils et barrages). Une importante mobilisation citoyenne a vu le jour pour sauver la rivière, patrimoine naturel exceptionnel, et réduire l’impact des différentes pollutions.