Le lisier issu de l'agriculture contient beaucoup d'azote et de phosphore. Si le lisier est déversé dans les cours d'eau de manière inappropriée, il peut entraîner des mortalités piscicoles. Chaque année, il y a malheureusement en Suisse de nombreuses pollutions des eaux, dont beaucoup sont dues au lisier. La FSP s'engage fortement sur le plan politique pour la protection des eaux.
